Na sexta-feira passada, apenas um dia após os cientistas sul-africanos anunciarem a descoberta da variante Omicron, a Europa relatou seu primeiro caso: a nova variante do coronavírus estava na Bélgica. Antes do fim do fim de semana, Austrália, Grã-Bretanha, Canadá, Dinamarca, Alemanha, Israel, Itália e outros países haviam encontrado casos.
Mas nos Estados Unidos, os cientistas continuaram pesquisando.
“Se começarmos a ver uma variante surgindo em vários países do mundo, geralmente minha intuição é que ela já está aqui”, disse Taj Azarian, epidemiologista genômico da Universidade da Flórida Central.
Na quarta-feira, autoridades americanas anunciaram que cientistas o encontraram – em um paciente da Califórnia que havia retornado recentemente da África do Sul. Até então, o Canadá tinha já identificou seis casos; A Grã-Bretanha encontrou mais de uma dúzia.
Os Estados Unidos identificaram mais dois casos, em Minnesota e Colorado, na quinta-feira, deixando claro que quase certamente mais casos estão à espreita, disseram os cientistas. Por que a variante não foi detectada antes?
Vários fatores podem estar em jogo, incluindo padrões de viagem e requisitos de entrada rigorosos que podem ter atrasado a introdução da variante nos Estados Unidos. Mas os pontos cegos e os atrasos no sistema de vigilância genômica do país também podem ter sido fatores, disseram os especialistas. Com muitos laboratórios agora conduzindo uma busca direcionada para a variante, o ritmo de detecção pode aumentar rapidamente.
Aumentando a escala
Desde o início da pandemia, os cientistas sequenciam o material genético de amostras do vírus, um processo que permite localizar novas mutações e identificar variantes específicas. Quando feito rotineiramente e em grande escala, o sequenciamento também permite que pesquisadores e funcionários mantenham o controle sobre como o vírus está evoluindo e se espalhando.
Nos Estados Unidos, esse tipo de vigilância genômica ampla teve um início muito lento. Enquanto a Grã-Bretanha rapidamente aproveitou seu sistema nacional de saúde para lançar um programa intensivo de sequenciamento, os primeiros esforços de sequenciamento nos Estados Unidos, baseados principalmente em laboratórios universitários, foram mais limitados e ad hoc.
Mesmo depois do CDC lançou um consórcio de sequenciamento em maio de 2020, os esforços de sequenciamento foram frustrados por um sistema de saúde fragmentado, falta de financiamento e outros desafios.
Em janeiro, quando os casos estavam aumentando, os Estados Unidos estavam sequenciando menos de 3.000 amostras por semana, de acordo com o painel do CDC, muito menos de 1 por cento dos casos relatados. (Os especialistas recomendam o sequenciamento de pelo menos 5 por cento dos casos.)
Mas, nos últimos meses, a situação melhorou dramaticamente, graças a uma combinação de nova liderança federal, uma injeção de fundos e uma preocupação crescente com o surgimento e disseminação de novas variantes, disseram os especialistas.
“A vigilância genômica realmente pegou os EUA e é muito boa”, disse Dana Crawford, epidemiologista genética da Case Western Reserve University.
O país agora está sequenciando cerca de 80.000 amostras de vírus por semana e 14 por cento de todos os testes de PCR positivos, disse a Dra. Rochelle P. Walensky, diretora do Centro de Controle e Prevenção de Doenças, em uma entrevista coletiva na Casa Branca na terça-feira.
O problema é que o processo leva tempo, principalmente quando feito em grande volume. O próprio processo de sequenciamento do CDC normalmente leva cerca de 10 dias para ser concluído depois de receber um espécime.
“Temos uma vigilância muito boa em termos de quantidade”, disse Trevor Bedford, especialista em evolução viral e vigilância do Fred Hutchinson Cancer Research Center em Seattle. Ele acrescentou: “Mas, por natureza, está atrasado em comparação com o seu relato de caso. E assim teremos bons olhos nas coisas de duas semanas atrás. ”
Esse tipo de atraso não é incomum em países que têm muitas amostras para sequenciar, disse o Dr. Bedford.
Em alguns estados, o cronograma é ainda mais longo. Departamento de Saúde de Ohio observa que, do início ao fim, o processo de “coletar a amostra, testá-la, sequenciá-la e relatá-la pode levar no mínimo 3-4 semanas”.
Mas agora que os cientistas sabem o que estão procurando, eles devem ser capazes de acelerar o processo priorizando amostras que parecem ser Omicron, disseram os cientistas.
Com um pouco de sorte, o Omicron gera um sinal genético diferente nos testes de PCR do que a variante Delta, que atualmente é responsável por praticamente todos os casos de coronavírus nos Estados Unidos. (Resumindo, as mutações no gene de pico da nova variante significam que as amostras de Omicron apresentam teste negativo para o gene, enquanto o teste é positivo para um gene revelador diferente.)
Muitos laboratórios estão despachando essas amostras, bem como amostras de pessoas que voltaram recentemente do exterior, para sequenciamento.
“Todas as agências envolvidas com a vigilância genômica estão priorizando os casos recentes associados a viagens”, disse Azarian.
Pode ter sido assim que o caso da Califórnia foi sinalizado tão rapidamente. O paciente voltou da África do Sul em 22 de novembro e começou a se sentir mal no dia 25 de novembro. A pessoa testou positivo para o vírus na segunda-feira e os cientistas sequenciaram o vírus, anunciando que haviam detectado o Omicron dois dias depois.
“A rápida reviravolta do sistema de vigilância genômica dos EUA é outro exemplo de como nosso sistema se tornou muito melhor nos últimos meses”, disse Crawford.
Pontos cegos
Por mais que a vigilância tenha melhorado, ainda existem lacunas que podem retardar a detecção de mais casos nos Estados Unidos, incluindo uma enorme variação geográfica.
“Alguns estados estão ficando para trás”, disse Massimo Caputi, virologista molecular da Escola de Medicina da Florida Atlantic University.
A pandemia do Coronavirus: principais coisas a saber
Nos últimos 90 dias, por exemplo, Vermont sequenciou e compartilhou cerca de 30 por cento de seus casos de vírus e Massachusetts sequenciou cerca de 20 por cento, de acordo com GISAID, um banco de dados internacional de genomas virais. Seis estados, por outro lado – Kentucky, Pensilvânia, Ohio, Carolina do Sul, Alabama e Oklahoma – sequenciaram e relataram menos de 3% de seus casos, de acordo com o GISAID.
Além disso, os cientistas só podem sequenciar amostras de casos que são detectados, e os Estados Unidos muitas vezes têm se esforçado para realizar testes suficientes.
“O teste é a parte mais fraca de nossa resposta à pandemia”, disse o Dr. Eric Topol, fundador e diretor do Scripps Research Translational Institute em La Jolla, Califórnia. “Tem sido desde o primeiro dia.”
Embora os testes, assim como a vigilância genômica, tenham melhorado muito desde os primeiros dias da pandemia, ainda são muito desiguais. E embora os testes caseiros rápidos tenham muitas vantagens, a mudança de alguns testes do laboratório para a casa pode apresentar novos desafios para a vigilância.
“Com o aumento dos testes de diagnóstico rápido em casa, se isso não for seguido por um teste de PCR, esses casos não serão sequenciados”, disse Joseph Fauver, epidemiologista genômico do Centro Médico da Universidade de Nebraska. O problema não é intransponível, acrescentou ele, mas “talvez haja um pequeno ponto cego aí”.
Existem outras razões mais otimistas para que os cientistas não tenham detectado mais casos, embora permaneçam teóricos.
“Talvez os pacientes infectados tenham sintomas leves e, portanto, não estejam sendo testados e não estejam sujeitos à vigilância genômica”, disse Janet Robishaw, reitora associada sênior de pesquisa do Florida Atlantic University College of Medicine.
(Ainda é muito cedo para saber se Omicron causa doença mais ou menos grave do que outras variantes, enfatizam os cientistas. Mesmo que os casos sejam desproporcionalmente leves, o que ainda não está claro, pode ser porque a variante está infectada principalmente jovens ou vacinados até o momento, que são menos propensos a desenvolver doenças graves.)
Também é possível que ainda não haja muita difusão da variante na comunidade nos Estados Unidos. Se os casos forem em sua maioria isolados e vinculados a viagens ao exterior, eles podem voar sob o radar de vigilância.
“Estamos procurando uma agulha no palheiro se estamos procurando apenas casos únicos que não estão relacionados”, disse Azarian.
Embora ainda não esteja claro onde o Omicron surgiu, os primeiros surtos foram detectados na África do Sul, onde a variante está agora disseminada.
Há menos voos entre o sul da África e os Estados Unidos do que entre essa região e a Europa, onde outros casos iniciais de Omicron foram detectados, disse Caputi.
E até o início de novembro, os Estados Unidos proibiram viajantes internacionais da União Europeia e da África do Sul, observou ele. Mesmo quando as autoridades suspenderam a proibição, os viajantes desses locais ainda eram obrigados a fornecer prova de vacinação e um recente teste negativo de Covid. Essas medidas podem ter adiado a chegada da Omicron.
“É concebível que a propagação do Omicron esteja ficando para trás nos Estados Unidos”, disse Caputi por e-mail.
De qualquer forma, ele acrescentou, ele espera que os cientistas encontrem mais casos em breve.
Discussão sobre isso post