A variante Delta é uma cepa do vírus SARS-CoV-2 altamente contagiosa.
Os cientistas sequenciaram amostras de centenas de casos confirmados neste surto, para gerar genomas inteiros que representam toda a constituição genética do vírus. Isso fez uma diferença crucial no gerenciamento do surto em tempo real, ao mesmo tempo em que confirmou uma ligação com o surto Delta da Austrália. Que outras percepções coletamos? Dr. David Welch e Dr. Jordan Douglas da Universidade de Auckland, Dr. James Hadfield, um filogeneticista baseado em Wanaka com Bedford Lab de Seattle, Otago University e virologista ESR Dra. Jemma Geoghegan, e ESR’s Dr. Joep de Ligt discutir os resultados.
Por que o sequenciamento do genoma é uma ferramenta importante no gerenciamento de surtos de Covid-19?
Em primeiro lugar, ele nos garante que os casos são de fato parte do surto atual, em oposição à transmissão de uma incursão na fronteira não relacionada, como o trabalhador da Air New Zealand no início de agosto.
Em segundo lugar, à medida que a diversidade aparece dentro dos genomas do surto, permite que os rastreadores de contato se concentrem nos locais de interesse onde os genomas correspondem e descartar aqueles associados a um subgrupo diferente.
O sequenciamento de cada caso positivo nos permite definir a associação do cluster quando as ligações epidemiológicas estão ausentes ou obscuras, o que é particularmente importante durante um grande surto como este.
O ritmo rápido em que os genomas são gerados na Nova Zelândia – geralmente em menos de 24 horas após a detecção de um caso – significa que eles podem ajudar as investigações de saúde pública em tempo real, com dados de sequência frequentemente disponíveis aproximadamente ao mesmo tempo que as entrevistas de rastreamento de contato são concluído.
Do ponto de vista da pesquisa, os dados que estamos coletando são inestimáveis porque temos uma amostra muito completa de genomas e dados epidemiológicos muito detalhados associados a cada caso.
Ter essas fontes juntas nos permite criar uma árvore de transmissão precisa a partir da qual podemos entender as propriedades do vírus, como a velocidade com que ele se espalha dentro das famílias e onde os eventos de super-propagação ocorreram, ou como os níveis de alerta são eficazes para desacelerar a propagação.
Finalmente, o sequenciamento de cada caso no MIQ nos diz exatamente quais variantes estão chegando ao país.
Quando variantes de preocupação, como Alfa ou Delta, que precisam de gerenciamento mais rigoroso, são encontradas, a resposta da saúde pública pode mudar de acordo.
O que o sequenciamento nos ensinou neste último episódio?
Nesse surto, encontramos uma ligação genômica com um caso de MIQ cujo teste foi positivo oito dias antes de o primeiro caso comunitário ser detectado.
É claro que esse surto está ligado a New South Wales, já que os genomas dos primeiros casos locais correspondem exatamente aos genomas recentes de lá.
Na verdade, eles correspondem exatamente ao genoma de um caso no MIQ que veio de New South Wales.
Mas devemos ser cautelosos ao interpretar dados genômicos.
Embora os dados genômicos possam fornecer pistas sobre a cadeia de transmissão, provar a transmissão é muito mais difícil, mesmo com a infecção de um coronavírus geneticamente idêntico – existem muitos genomas em New South Wales que são idênticos ao primeiro caso aqui e havia muitas pessoas nesses voos da “zona vermelha”.
Portanto, embora a genômica apoie fortemente uma conexão, faltam algumas peças no quebra-cabeça da transmissão.
A evidência genômica mostra que houve, dentro do MIQ, propagação do viajante de New South Wales em questão para seus vizinhos, o que reforça ainda mais a visão de que este caso MIQ foi a fonte; só precisamos encontrar essas ligações epidemiológicas.
Neste ponto, não podemos descartar definitivamente uma introdução separada, mas não é por falta de tentativa.
E o que podemos dizer sobre a evolução desta variante, e sua trajetória desde seu ponto de origem até a Nova Zelândia hoje?
A linhagem Delta foi detectada pela primeira vez no final de 2020 e causou uma segunda onda enorme na Índia no início de 2021.
A variante começou a aumentar em frequência em todo o mundo substituindo muitas outras variantes, incluindo Alpha, que era dominante na época.
Public Health England declarou-o uma “variante de preocupação” em maio de 2021 com base em sua maior transmissibilidade.
Delta continua a ser a linhagem mais dominante sequenciada em todo o mundo e, em muitos países, é praticamente a única linhagem encontrada.
Existem muitos milhões de cadeias Delta de transmissão globalmente e uma grande diversidade de genomas dentro da linhagem Delta, incluindo variantes “Delta +” que contêm mutações associadas a outras variantes preocupantes.
Olhando para os casos positivos de MIQ que sequenciamos nos últimos dois meses, todos, exceto um, eram Delta.
Como este gráfico mostra, a grande maioria de todos os casos cobiçosos em todo o mundo são agora de Delta.
Dentro deste próprio surto, podemos ver algum nível de diversidade genômica?
Como acontece com qualquer grande surto de Covid-19, há uma grande diversidade genômica dentro do surto.
Dos 388 genomas completos que temos até agora, podemos identificar cerca de 80 genomas distintos.
Existem 56 chamadas “variações de nucleotídeo único”, que são alterações de uma única letra no código genético do genoma de 30.000 letras.
O restante das alterações são “exclusões”, em que um pequeno número de letras é omitido da sequência.
Essas mutações ajudam a definir subgrupos e ligar os casos.
Essas informações, combinadas com dados epidemiológicos, podem ajudar a contatar os rastreadores ao vincular os casos a uma fonte potencial ou até mesmo excluí-los de um subconjunto.
Dito isso, 221 dos 388 genomas são geneticamente indistinguíveis um do outro, o que é semelhante ao que vimos em outros surtos.
Os genomas também estão sendo compartilhados com plataformas globais. Como funcionam e por que são importantes na gestão de uma pandemia mais ampla?
Pesquisadores de todo o mundo, incluindo nós, compartilham dados genômicos – sem nenhuma informação de identificação pessoal – para bancos de dados como GenBank e GISAID.
Esse compartilhamento recíproco ajuda a tentar entender onde um novo caso pode ter se originado.
Plataformas como Nextstrain analisar dados globais e apresentar uma visão de alto nível sobre a propagação e evolução do Sars-CoV-2.
Nossa compreensão do comportamento de variantes como Delta depende desse tipo de compartilhamento global.
Como o perfil genômico deste surto difere dos anteriores? Nossa onda principal no ano passado, por exemplo, carregou muito mais diversidade genômica e incluiu 300 apresentações de diferentes partes do mundo.
O perfil genômico desse surto é muito diferente do da primeira onda em 2020.
Não só por ser a variante Delta, mas também porque a diversidade genômica do surto é muito menor, por todos os casos compartilharem uma única introdução.
Isso difere da nossa primeira onda, onde houve várias introduções e diversidade genômica que refletiam a diversidade vista em todo o mundo.
Também estamos testando e sequenciando muito mais, portanto, vamos pegar a grande maioria dos casos envolvidos neste surto.
Na primeira onda, especialmente no início, houve lacunas significativas nos testes, de modo que a extensão do surto não foi totalmente compreendida.
Este surto, com mais de 550 casos, é de longe o maior cluster único que vimos na Nova Zelândia.
Antes disso, o maior surto foi o surto de Auckland em 2020 – com 179 casos, seguido pelo cluster Bluff Wedding com 98 casos.
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