Outra onda de Covid-19 pode estar a caminho com uma nova subvariante da Omicron, vendo os números de casos voltarem a aumentar. Vídeo / NZ Herald / Ben Cummins
Os dados de águas residuais recém-lançados adicionaram uma nova perspectiva à nossa onda Omicron, mostrando que o que os cientistas aprenderam com a amostragem de esgoto geralmente corresponde aos números diários de casos.
ESR online Painel de águas residuais Covid-19que foi lançado na semana passada, permite que os Kiwis verifiquem a quantidade de SARS-CoV-2 que os cientistas estão encontrando em sua região – e depois comparem com os números de casos relatados todos os dias.
Como traços do vírus ou de seu RNA podem ser detectados a partir do que jogamos no vaso sanitário, a epidemiologia baseada em águas residuais tem desempenhado um papel cada vez maior em nossa caixa de ferramentas pandêmica.
Como parte da vigilância, amostras são enviadas de cada planta para a ESR, onde os cientistas concentram os vírus e extraem o RNA viral.
Quando há vírus suficiente na amostra para quantificar, os cientistas são capazes de converter isso em uma carga viral de cópias do genoma por dia, por pessoa – ajudando a construir uma imagem da prevalência da infecção em determinadas populações de captação.
Os dados nacionais dessa vigilância mostraram como quantidades quantificáveis de vírus estavam sendo coletadas apenas em cerca de 10% dos locais nas primeiras semanas do ano.
Em meados de fevereiro, níveis quantificáveis foram detectados em mais de um quarto deles.
Uma semana depois, essa proporção disparou para cerca de dois terços – e agora o vírus estava sendo detectado, geralmente em níveis altos, em todos os locais monitorados em todo o país.
“Antes de fevereiro, estávamos vendo o Covid-19 apenas em algumas bacias – principalmente em Auckland – mas então ele realmente decolou”, disse a cientista sênior da ESR, Dra Joanne Hewitt.
“À medida que o Omicron se espalhou pelo país, vimos os níveis subirem não apenas 10 vezes, mas 1.000 vezes, em comparação com os níveis de fundo”.
Em Auckland, em 13 de fevereiro, ainda havia apenas 220 casos comunitários e quase 387.000 cópias de genomas médios do vírus por pessoa.
Mas em 6 de março, no auge da primeira onda, essas taxas saltaram para 10.779 casos e mais de 14,2 milhões de cópias do genoma por pessoa por dia.
Enquanto essas cópias do genoma caíram para cerca de 5,2 milhões de cópias do genoma em meados de abril, elas aumentaram novamente para 12,3 milhões de cópias em meados de julho, em meio a uma onda atual alimentada pela subvariante BA.5 Omicron.
Os dados mostraram imagens semelhantes – mas ligeiramente diferentes – em outras regiões.
Em Canterbury, onde poucos vestígios do vírus estavam sendo encontrados nas águas residuais no meio do verão, os volumes atingiram o pico semanas depois de Auckland, atingindo mais de 12,2 milhões de cópias do genoma por pessoa por dia em 20 de março.
Em 10 de julho, essa quantidade havia subido para 28,7 milhões de cópias do genoma por pessoa por dia, mas depois caiu.
Em Wellington, as quantidades observadas ficaram em 39,7 milhões de cópias do genoma por pessoa por dia em 10 de julho – quase subindo para as 45,8 milhões de cópias do genoma detectadas na região no pico da primeira onda, em 13 de março.
Nacionalmente, os volumes caíram ligeiramente de 15,9 cópias do genoma por pessoa por dia em 6 de março, para 5,6 milhões em meados de junho – antes de subir novamente para 13,3 milhões no último fim de semana.
Enquanto alguns especialistas especulam que essa onda já pode ter atingido o pico, Hewitt disse que os resultados de águas residuais da semana passada seriam informativos.
Ela disse que havia muito mais que ela e seus colegas queriam fazer com o programa – ou seja, focar mais nas subvariantes que estavam circulando.
No momento, a análise de variantes estava sendo realizada para apenas 21 locais sentinela.
Apenas nas últimas seis semanas, a ESR viu a proporção de BA.4/5 nos 21 locais aumentar de menos de 3% para 73%.
“Estamos procurando muitas maneiras diferentes de obter melhores informações sobre as variantes que temos agora – mas também para detectar variantes que talvez não sabíamos que estavam aqui ainda”, disse Hewitt.
“Além do sequenciamento, começamos a usar PCR digital para detectar mutações específicas – o que indica rapidamente a proporção de variantes nas águas residuais ao longo do tempo. Esse método nos permitirá digitalizar mais amostras do que os 21 locais atuais.”
Também havia potencial para usar a vigilância de águas residuais para modelagem probabilística – complementando as tendências que os funcionários foram capazes de extrair de casos comunitários relatados e sequenciamento de genoma.
O que a vigilância de águas residuais não conseguiu, no entanto, foi revelar precisamente quantos casos estavam presentes em uma região em um determinado momento.
“Embora saibamos que os níveis do vírus nas águas residuais aumentam à medida que os casos aumentam, em uma determinada área de 1.000 pessoas, você pode ter uma pessoa espalhando tanto vírus quanto 10 pessoas em outro lugar”, disse ela.
“Então, é complicado traduzir para números de casos precisos, mas isso é algo que os cientistas estão analisando globalmente”.
Além do Covid-19, Hewitt disse que havia planos para expandir a vigilância de águas residuais para outros vírus, como influenza e vírus sincicial respiratório (RSV).
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